1997年和2008年金融危机的爆发，追根溯源，在于金融机构治理风险累积导致的系统性风险。金融机构在面对自身治理和业务治理的双重治理上，由于存在复杂的委托代理关系和严重的信息不对称问题，易于造成治理风险的累积。
除了传统的市场风险、信用风险、操作风险等，金融机构面临的治理风险，通常来说，可以概括为以下几种：
一、金融机构转型风险
行政型与经济型治理交织。2008年金融危机以后，许多国家金融监管部门进一步强化对金融机构的监管，我国金融机构的治理模式也呈现行政型治理和经济型治理交织状态，即行政经济型治理模式。一方面，伴随我国公司治理改革的深入，强调发挥市场主体主动性的经济型治理得以进一步强化，即由市场主体自主确定经营目标、采用市场化方式进行资源配置、以职业化形式进行人才选聘；另一方面，政府运用行政权力直接干预国有控股甚至国有参股企业对于经营目标选择、高管任免和公司资源配置等方面的运营管理。两种治理模式的交织使得政府总是希望利用其“有形之手”解决治理改革不到位的问题，结果强化了公司行政型权利而削弱了经济型治理能力。在我国金融机构中，国有控股的金融机构占据主体，其特点是政府既是国家资产的管理者，又是国有股东权利的行使者，双重身份所形成的“治理困境”，易造成经济型治理外壳下的行政型治理变形，由此可能引致治理风险。
二、高管治理风险
双重身份与激励不足。行政经济型治理模式下，国有金融机构高管普遍具有“行政人”和“经济人”的双重身份，导致高管追求行政化目标和市场化目标时产生选择困境。
此外，当前我国国有金融机构高管的激励机制仍存在“行政型导向”，这也强化了高管双重身份引致的治理风险。2014年限薪令颁布之后，国有金融机构经理层激励约束指数由2014年的45.15下降到2015年的42.55，而同期非国有控股金融机构激励约束指数增长0.20。从高管激励合约设计角度而言，应当使激励水平与经营目标实现激励相容，强化薪酬和业绩之间的正向反馈，否则薪酬和绩效倒挂容易挫伤高管提升经营绩效的积极性，不利于金融行业的可持续发展。
三、信息披露风险
信息披露不完善。由于金融交易活动具有强时效性，互联网背景下金融机构信息披露的可靠性、及时性、相关性也越发重要。而我国金融机构信息披露的重灾区主要在相关性方面，从上市金融机构治理评价结果可窥一斑。2008-2018年，金融机构信息披露相关性指标均值仅为59.78，是信息披露评价不高的主要原因。信息披露相关性是指上市公司必须公开所有法定项目的信息，不得有所忽略、隐瞒，以使信息使用者充分了解公司全貌。近年来，部分金融机构频频“爆雷”，给投资者造成巨大损失，究其原因，信息披露不完善难辞其咎。诸多金融机构的经营困境在“爆雷”之前已存在多时，但由于信息披露不足，导致监管部门无法及时防范风险，投资者也难以做出科学合理的止损决策。这说明，金融机构在满足基本信息披露合规的基础上，还应当加强持续性信息披露管理，改进信息披露方式、完善信息披露内容，特别在当前金融业放开外资准入的背景下，金融机构如不能升级信息披露标准，很可能会诱发信息披露不充分导致的股东诉讼风险。
四、合规风险
不同治理规则存在差异。从放宽外资股权投资比例限制、外资金融机构设立限制到拓宽中外金融市场合作领域，我国金融业对外开放的力度和深度都超出预期。在当前金融机构治理规则中，存在着国际规则、上市公司规则和其他公司规则三套不同的体系，在不同的规则体系下，如不能及时切换，则会导致违规风险。如2018年，某银行在美子公司就曾因可疑交易报告制度存在缺陷而受到美国证监会（SEC）和美国金融业监管局（FINRA）的处罚。在国有金融机构“走出去”步伐加快的背景下，只有进一步明确国内、国际规则中的模糊地带，提升合规管理能力，才能减少金融机构公司治理风险。此外，分业监管模式下，银行、保险、证券等不同行业的金融机构也面临不同的治理规则，其表现为不同金融机构治理评价结果差异较大。伴随金融创新业务的发展，不同类型的金融业务时常出现交叉，而现行的多套治理规则难以实现灵活的混业监管，由此形成监管盲区，同时也增加了金融机构监管的成本。
五、绿色治理风险
引领绿色金融的顶层设计缺失。构建绿色金融是实现绿色发展的重要内容，而引领绿色金融则要求绿色治理先行。伴随2016年《关于构建绿色金融体系的指导意见》的出台，绿色金融正如火如荼地进行，但仍存在绿色金融顶层设计缺失的问题。尽管包括绿色投资、绿色信贷等产品已考虑引入包括环境、社会和治理的ESG理念，但仍呈现出不同绿色金融产品监管相对隔离、各自为战的局面，围绕整个绿色金融体系的治理机制仍未构建。由于绿色治理层面的制度缺失，可能导致部分金融机构为获取绿色资金，将非绿色项目“洗绿”，极大影响绿色金融政策的实施效果，出现绿色行业中的“黑色企业”现象。
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